St. Nikolai - nach dem Schutzheiligen der Schiffer und Kaufleute benannt - entstand zugleich mit der Stadt Kiel um 1242. Ein genaues Datum ist urkundlich nicht belegt, und auch über die ursprüngliche Form der Kirche sind wir nur schlecht unterrichtet. Erst in der 2. Hälfte des 14. Jh. wird der Bau als Backsteinhallenkirche fertig gestellt worden sein. Dabei war der Turm bis zum Bau der beiden Seitenkapellen zu Beginn des 16. Jh. nur an seiner Ostseite mit dem dreischiffigen, nahezu quadratischen Langhaus und dem einschiffigen Chor verbunden.

In den Jahren 1877 bis 1884 wurde das Bauwerk neugotisch restauriert und mit Maschinenziegeln verblendet. Die meisten Kapellenanbauten wurden abgebrochen und die Westseite mit dem Portal neu gestaltet.

1943/44 wurde die Kirche fast vollständig zerstört. Aber bereits 1950 wurde sie nach Plänen von Gerhard Langmaack, Hamburg, wieder aufgebaut, geleitet von der Überzeugung, nur das alte Mauerwerk habe geschichtlichen Zeugniswert und sei in der Formensprache der Gegenwart zu ergänzen. So wurde bewußt auf die Wiederherstellung der Gewölbe verzichtet, und der Außenbau erhielt ein schlichtes, alle drei Schiffe zusammenfassendes Satteldach. Bei der Renovierung im Jahre 1986 durch Peter Kahlcke, Kiel, wurde bei der Gestaltung der Innenräume an dieser Überzeugung festgehalten.