1965 wurde durch die Orgelbauwerkstatt Detlef Kleuker, Brackwede, die heutige Orgel mit drei Manualen und Pedal und zunächst 45 Registern, verteilt auf Hauptwerk, Schwellwerk, Rückpositiv und Pedal, in St. Nikolai errichtet.
Aufgrund zahlreicher Mängel beschloss der Kirchenvorstand von St. Nikolai 1995 einen umfangreichen Umbau des Instruments mit Generalüberholung. Diesen führte die Orgelbaufirma Ulrich Babel, Gettorf, zwischen Pfingsten 1996 und Ostern 1997 aus.
Wichtige Elemente dieses Umbaus sind z. B. eine Erhöhung des Winddruckes samt Neuintonation, die Elektrifizierung von Ton- und Registertraktur samt neuem, zerlegbarem Spieltisch und die Übertragung der elektrischen Signale über Lichtwellenleiter. Diese Technik ermöglicht auch, dass seit 2003 die neu erstandene Chororgel vom Generalspieltisch aus spielbar ist.
Bis 2010 kamen sukzessive sieben weitere Register sowie ein Zimbelstern dazu.
Im Rahmen der Generalreinigung 2025/26 konnte der fehlende Bordun 16‘ im Hauptwerk bei der Orgelbaufirma Babel nachbestellt werden. Die veraltete Lichtwellenleitertechnik wurde auf digitale Übertragung umgestellt.
Die heutige Disposition lautet: Orgeldisposition
Die Chororgel wurde um 1920 von der bedeutenden französischen Orgelbaufirma Mutin Cavaillé-Coll, Paris, gebaut und im November 2003 an der Ostwand des Südschiffes aufgestellt. Diese Orgel stammt aus einer 1995 entwidmeten und zur Lagerhalle umgebauten Kirche der Stadt Tourcoing im Norden Frankreichs. Sie ist das größte Instrument aus der Werkstatt Mutin Cavaillé-Coll auf deutschem Boden. Aristide Cavaillé-Coll war weltweit einer der bedeutendsten Orgelbauer. Die meisten seiner großen Instrumente in den Kathedralen Frankreichs sind erhalten und stehen fast alle unter Denkmalschutz. Charles Mutin war der Compagnon von Cavaillé-Coll und führte dessen Firma bis zu ihrer Auflösung in den 1930iger Jahren ganz im Sinne ihres Gründers weiter.
Die Chororgel der St.-Nikolai-Kirche ist ein repräsentatives Beispiel für die Orgelbaukunst Frankreichs im 19.Jahrhundert. Sie besitzt einen vollständig erhaltenen, mechanischen, „seitenspieligen“ Spielschrank. Außerdem ist sie zusätzlich mit dem Spieltisch der Hauptorgel elektrisch verbunden. Dadurch können beide Orgeln gleichzeitig vom Spieltisch der Hauptorgel aus gespielt werden. Die Vorrichtungen der elektrischen Doppeltraktur sind im denkmalpflegerischen Sinn eingebaut. Sie können mit wenigen Handgriffen wieder entfernt werden.
Für weitere Informationen zur Chororgel bitte hier klicken: Orgeldisposition
Die Truhenorgel wurde speziell für die Anforderungen an St. Nikolai konstruiert und gefertigt: Sie besitzt einen tragfähigen Klang, ist um einen Halbton tiefer oder höher transponierbar, der Kammerton ist variabel bis 430 Hertz und es besteht die Möglichkeit, verschiedenste Temperaturen zu legen. Sie hat zwei Register (Gedackt 8' und Rohrflöte 4'), einen Tonumfang von C bis f‘‘‘ und ist in einer leichten Bauweise konstruiert.
Im Jahr 2002 wurde dieses Instrument aus der Gettorfer Orgelbauwerkstatt Babel vom Orgelbauverein St. Nikolai e.V. der Kirchengemeinde übergeben.